Σύμφωνα με την κοινή υπουργική απόφαση υπ’ αρ. 8315.2/02/07 (ΦΕΚ Β’ 202) ο λιμένας Ζακύνθου κατατάσσεται στην κατηγορία λιμένων εθνικής σημασίας (Κ2) και ως εκ τούτου βάσει του άρθρου 19ου του νόμου 2932/2001 είναι υπόχρεος εκπόνησης Αναπτυξιακού Προγράμματος και Μελέτης Διαχείρισης Λιμένας (Master Plan).
Το master plan του λιμένα Ζακύνθου έχει λάβει τη θετική γνώμη της Επιτροπής Σχεδιασμού και Ανάπτυξης Λιμένων (ΕΣΑΛ) δυνάμει της υπ’ αριθμ. 89/11.11.2021 απόφασής της. Ακολούθως, επίκειται η έναρξη της διαβούλευσης της στρατηγικής μελέτης περιβαλλοντικών επιπτώσεων και η τελική έγκριση του master plan μέσω προεδρικού διατάγματος.
Ο λιμένας της Ζακύνθου βρίσκεται στο κέντρο του παραλιακού μετώπου της Ζακύνθου και ο φορέας διαχείρισής του είναι το Λιμενικό Ταμείο Ζακύνθου.
Δυνάμει του άρθρου 1 της υπ’ αριθμ. 3000.0/87202/2023 απόφασης του Υπουργού Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής (ΦΕΚ B’ 7380/27.12.2023) το Ταμείο Αξιοποίησης Ιδιωτικής Περιουσίας του Δημοσίου Α.Ε. έχει ορισθεί ως αρχή σχεδιασμού για τον λιμένα της Ζακύνθου.